O Núcleo de Microscopia opera efetivamente sob uma administração de laboratório Multiusuário com cerca de 600 usuários cadastrados (Abaixo, segue o Link dos usuários cadastrados), que são classificados como usuários do PEMM (302), usuários externos ao PEMM (292) e consultorias (33).
Há técnicos para operá-los, a fim de maximizar o aproveitamento das análises e prolongar a vida útil dos equipamentos e o usuário deverá acompanhar as análises.
A introdução dos novos projetos é realizada através do cadastrado de fichas, onde é feita uma descrição resumida da pesquisa e servirá também para o controle de horas de utilização dos equipamentos. Esses projetos são avaliados pelo comitê de usuários, em caso de amostras que possam danificar os equipamentos, ou para verificar se a utilização desses equipamentos é realmente indicada para o desenvolvimento de determinada pesquisa.